在日本申請商標需要支付一定的費用，這些費用包括申請費、注冊費、續期費等。此外，如果通過代理機構申請商標，還需要支付代理費。

首先，申請費是指在提交商標申請時需要支付的費用。在日本，申請費用是根據商品或服務的種類而異的。例如，申請一個商品或服務的商標的費用為1萬3400日元，每增加一個商品或服務則需要支付1萬2000日元。

其次，注冊費是指在商標申請被批準后需要支付的費用。根據商標種類和數量的不同，其費用也會有所變化。以普通商標為例，根據商標注冊條例規定，注冊費用為2萬8000日元。

另外，商標申請后，商標權有效期為10年。在這段時間內，如需保持該商標的權益，則需要每隔10年繳納續期費用。根據商標注冊條例規定，商標有效期滿之日起6個月內申請續期的商標應繳納1萬5000日元的續期費用。

最后，如果選擇通過代理機構申請商標，則需要支付代理費。代理費的高低取決于代理機構的資質和服務水平。通常情況下，代理費用在幾千到幾萬元之間。因此，在選擇代理機構時，需要根據自己的情況進行權衡和選擇。

總體而言，商標申請中包含的費用有申請費、注冊費和續期費，而代理費則根據代理機構的不同而異。針對這些費用，申請人需要進行合理規劃和預算，以確保商標申請能夠順利進行并保持商標權益的有效性。